应用化学研究中心是中国科学院福建物质结构研究所根据发展战略目标和战略部署对原有学科布局进行凝炼和优化调整后成立的。其依托于中科院福建物构所雄厚的研发力量、人才优势和综合技术实力，以高技术创新为主导、产业化为目标开展基础科学和应用研究。
应化中心主任由李广社研究员担任，目前设有七个课题组，其中研究员7名，博导4名，国家杰出青年基金获奖者2名，"百人计划"获得者3名。近年来中心共承担国家科技支撑、国家基金、中科院和福建省等多项重要科研项目，相继在基础科学、应用研究等方面开展了一系列重要工作。