漳州州师范学院闽台文化研究所前身为闽南文化研究所，成立于1994年，2003年更名为现名。第一任所长由漳州师范学院原院长林继中兼任，著名楚辞专家汤漳平教授为第二任所长，现任所长为邓文金教授。研究所下设闽台宗教与民间信仰研究室、闽南地方文献研究室、两岸关系研究室、闽南方言研究室、闽台民俗文化研究室、林语堂研究中心、闽台文化交流杂志社、办公室、资料室等，是集科学研究、学术交流、人才培养、政策咨询、信息服务为一体的综合性教学科研机构。研究所历来注重历史，面向现实，秉承以闽南文化研究为基础，以海峡两岸文化关系研究为重点，服务于地方社会文化建设，促进两岸文化交流，增进两岸人民文化认同意识的宗旨，为建设海西和谐社会，促进祖国和平统一大业服务。研究所坚持开放、合作、高效和创新的竞争机制，实行所长负责制，以研究所为基础和平台，整合校内外资源和学术研究力量，推进闽台文化研究的深入和发展。