福州大学市政工程系，原为给水排水专业教研室。市政工程系的本科专业称为“给水排水工程”；研究生专业称为“市政工程”。给水排水工程专业最早成立于1987年，2007年开始招收硕士研究生，2010开始招收博士研究生，目前是我省唯一一所具有大学本科学士学位、硕士学位、博士学位市政工程专业人才培养的院校。现有给水排水工程本科专业1个，市政工程硕士学位点1个，市政工程博士学位点1个。市政工程系现有教师10人，其中，教授2人，副教授2人，讲师6人。给水排水专业每年预计招收本科生60名，现有在校生240名左右。现任系主任苑宝玲教授，系副主任刘德明副教授。
本专业旨在培养市政工程、工矿企业、建筑工程和环境保护等给水排水规划、设计、施工、运行管理和科学研究的高级工程技术人才，学制四年。该专业是一个与工程实践紧密结合的专业，在学习基础理论知识的同时，还参加认识实习，生产实习，毕业实习等实践环节，参观学习福州地区市政、工业企业、建筑、水体及水域等领域的设计施工、运行管理和处理技术；到自来水厂、污水厂、设计院、施工现场等进行生产性实习，分组参与企业的技术管理和运行、参与设计施工和技术改造。由于该专业就业面宽，多年来毕业生就业率一直保持在97％以上。
市政工程系的研究方向主要有建筑给水排水工程及其消防、给水排水工程设计与运行最优化理论与技术、饮用水预处理、强化常规处理和深度处理技术等。近年来完成或在研的项目有国家和福建省自然科学基金项目、教育部霍英东优选课题、福建省环保局科技计划、福建省教育厅科技项目和业内横向合作研究项目等30余项，科研经费累计达200余万元，发表研究论文200余篇，参加国内外学术交流100余次。