2002年，合肥联合大学、合肥教育学院、合肥师范学校三校合并成立合肥学院后，设立社会科学与管理系，内设历史、马克思主义哲学、邓小平理论、思想道德修养、法律基础等教研室，负责全院的“两课”教育教学工作。
2004年8月成立基础教学部，内设“两课”教研室，后改为思想政治理论课教研室，包括思想道德修养与法律基础、中国近现代史纲要、马克思主义基本原理概论、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论四个课程组。
2011年3月，按照教育部文件要求，成立独立的直属院党委领导的“思想政治理论课教学部”，下设思想道德修养与法律基础、中国近现代史纲要、马克思主义基本原理概论、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论、当代世界经济与政治和形势与政策五个教研室，负责全院的思想政治理论课教育教学工作。
本部门的现状：思想政治理论课教学部现有教师51人（专任教师18人），教授 2人，副教授15人，硕士学位以上49人，其中博士4（含在读1人）人，硕士以上学位教师比例达96%。教师毕业于全国和安徽众多国内知名高校，学历、职称层次较高，结构合理。
自2006年以来，思想政治理论课教师主持承担省级、厅级科研项目30余项，在马克思主义哲学、中国哲学、伦理学、法学、思想政治教育等学科领域多有建树，累计在国家核心期刊、省级学术刊物发表论文110多篇，参与出版专著3部。获得包括省、市级教研、科研成果奖在内的各级政府奖励多项。
改革中的我们：配合学院应用型人才培养要求和模块化教学改革，思想政治理论课教学部积极探索思想政治理论课教育教学改革，在实践教学、模块化教学、专题化教学、中外合作培养专业教学、形势与政策课教学等方面进行了多年改革探索，承担了省级院级教学改革研究课题多项，取得了一批有价值的成果。针对思想政治理论课实践教学的要求，与安徽省博物馆、安徽省科力公司、合肥市义城监狱、肥西县小井庄等单位积极合作，共建思想政治理论课实践教学基地。