药用基础化学教研室成立于1998年，涵盖原无机化学、有机化学和物理化学三个学科的基本特色和职能，具有相对的独立性。为了促进教学改革和发展，提高教学质量，进一步加强各学科的互相联系、互相渗透和互相促进。本教研室在原有基础上，积极创造条件，组建了药用基础化学实验中心，并于2002年被安徽省教育厅评为省级基础实验教学示范中心建设单位，连续四年由教育厅每年投资40万元和学校等额匹配投资进行建设。组建后的药用基础化学实验中心，主要承担基础化学（无机化学、有机化学、物理化学和分析化学）的实验教学任务，同时对传统的实验教学模式进行改革，将四门化学实验课进行整合，编写一门“化学实验”，使学生从中涉及完整的实验教学知识，减少重复内容及验证性实验，加强综合实验的表征、创新实验的内容，体现以学生为主体，以创新目的的教学新理念，为培养创新型、实用性药学类人才作出积极贡献。
本教研室有专、兼职教师13人，其中教授、硕士生导师2人，副教授5人，讲师4人，助教2人；教师中具有硕士学位4人，在职攻读硕士学位5人。
教研室主要承担药学院、成教学院、医药经济管理学等部门的药学、中药学、制药工程、药物制剂、中药资源开发与利用、药物分析与检验、医药贸易和市场营销各专业的研究生、本科和专科多层次的教学任务。多年来在繁重的教学工作中，本教研室培养了一批年富力强的骨干教师，承担各门课的主讲工作，承担课程有：
1、《无机化学》：为药学、中药学、制药工程、药物制剂、中药资源开发与利用本科专业的主干课程。
主讲教师：吴培云、周双生、贾勇、桂先群。
2、《有机化学》：为药学、中药学、制药工程、药物制剂、中药资源开发与利用本科专业的主干课程。
主讲教师：朱业宝、张国升、王萍、程俊、方方。
3、《物理化学》：为药学、中药学、制药工程、药物制剂、中药资源开发与利用本科专业的主干课程。
主讲教师：鲁传华、张菊生、李全、陆永诚。
4、《实验化学》：为药学、中药学、制药工程、药物制剂、中药资源开发与利用本科专业的主干课程。
主讲教师：吴培云周双生朱业宝张国生鲁传华张菊生谢晓梅等。
5、《药用高分子材料》：为制药工程本科专业主干课程。
主讲教师：周双生。