皖南医学院法医学系1984年筹建，于1986年正式建系。招收法医专业本科生16届，培养毕业生500余人。举办17期法医进修班，为全国培养在职法医700余人。
法医系分为法医病理学、法医物证学、法医毒理、毒化学、法医精神病学几个教研室，共有教职工22人，其中教授2人，副教授6人，讲师8人，实验师4人，行政2人。1989年成立面向社会服务的法医门诊，于2002年通过安徽省司法厅考评，成立皖南医学院司法鉴定中心。
法医系1997年经国家学位委员会批准为法医学硕士学位授予点，现学科带头人李永宏教授为中国法医学教育研究会常务理事。法医系拥有一支较高水平的法医鉴定队伍，为公安侦破司法处理提供科学依据，为社会发展和稳定做出积极贡献。