合肥工业大学研究生教育始于1960年，1978年恢复招生，1986年招收博士研究生。经过二十多年的发展，形成了能够培养层次完整，类型多样的研究生培养体系。
学校设有博士后科研流动站、“ 长江学者奖励计划 ” 特聘教授岗位； 8个博士后科研流动站，6 个博士学位授权一级学科，25 个博士学位授权点 ，83硕士学位授权点；具有建筑学硕士、工商管理硕士（ MBA ）、公共管理硕士（ MPA ）、工程硕士、高校教师在职攻读硕士学位等 4 种专业学位授予权，其中工程硕士专业学位授权领域已达 23个，目前在校研究生7800余人。
学校现有教职工 3914 人，专人教师1885人，教授224人，副教授519人，博士生导师 80 余人，并聘请了200 余名国内外著名学者兼任学校名誉教授、顾问教授、兼职教授， 75% 以上的中青年教师具有硕士以上学位。
合肥工业大学主动适应我国研究生改革与发展的新形势，贯彻“育人为本”的方针。长期以来，学校始终坚持以导师队伍建设为核心，以改革培养模式为重点，以提高培养质量为关键，注重多学科结合，产学研结合，学术团队联合培养研究生，强化创新能力和实践能力的培养，规范培养环节，充分调动导师和研究生的积极性、创造性，保证了研究生培养规模与质量的协调发展。