土木与水利工程学院已有60多年的办学历史，学院最初起源于1945年成立的安徽省立蚌埠工业职业学校土木科，1970年安徽水利电力学院水利工程系、水利水电建筑工程、农业水利工程专业并入合肥工业大学建筑工程系，1999年土木工程系、建筑工程系、应用数学力学系的力学学科部分合并，成立土木建筑工程学院，2007年学院更名为土木与水利工程学院。
土木与水利工程学院设有7个系，9个实验室和1个计算中心；以及土木工程防灾减灾安徽省工程技术研究中心、土木工程结构与材料安徽省重点实验室和工科力学安徽省实验教学示范中心。现有土木工程、水利水电工程、给水排水工程、建筑环境与设备工程、工程力学、测绘工程6个本科专业；拥有土木工程、水利工程、力学、测绘科学与技术4个一级学科硕士学位授权点；建筑与土木工程、水利工程、测绘工程3个专业（工程）硕士学位授权点；拥有土木工程一级学科博士学位授权点和博士后流动站，以及工程力学博士学位授权点。工程力学、结构工程和岩土工程是安徽省重点学科。土木工程专业是国家级特色专业，也是国家首批“卓越工程师培养计划”试点专业。目前学院在校全日制本科生2600余人，博士、硕士学位研究生近千人。
全院现有教职工168人，其中长江学者特聘教授1人，百千万人才工程入选者2人，安徽省教学名师1人，教授30人，博导10人，副教授55人，讲师54人；有专任教师137人，其中博士学位62人，硕士学位67人。