学科水平是高校办学水平和综合实力的最主要体现，学科的竞争是大学竞争的基石，学科建设是构筑高等学校核心竞争能力的必由之路。学科建设工作是学校各项事业发展的“龙头”，也是关系大学发展全局的一项长周期的活动。中国科技大学历来十分重视学校的学科建设工作，经过30多年的发展，学校已经形成了比较完备的研究生培养的学科体系。特别是近年来我校围绕国家重大战略需求和国际学科发展前沿，根据合理布局、强化特色、突出重点、建设基地的原则，贯彻教学和科研并重、科学与技术结合的指导思想，遵循“以重点学科建设为龙头，传统学科内涵改造为契机，优先发展信息科学、生命科学、工程与材料科学，充分发挥在数学、物理、化学、地学和空间科学等基础学科的优势，积极扶植金融、管理和人文科学，大力探索交叉学科”的方针，以提高研究生培养质量和效益、改善学科结构、发挥学科整体优势为宗旨，建设一流的学科体系。
目前学校有23个一级学科博士学位授权点，108个博士点、133个硕士点；同时还拥有MBA、EMBA、MPA、法律硕士、金融、应用统计、翻译、新闻与传播、文物与博物馆、工程管理、工程硕士（18个领域）等专业学位授予点。学校有8个一级学科国家重点学科（涵盖43个二级学科）、4个独立的二级学科国家重点学科、2个国家重点（培育）学科、1个安徽省A类重点学科、19个安徽省B类重点学科。一级学科国家重点学科数列全国高校第6；理学博士点国家重点学科覆盖率达到100%，工学博士点国家重点学科覆盖率达到40%。
在教育部学位与研究生教育发展中心公布的2002年度至2004年度全国一级学科整体水平评估排名中，学校有11个一级学科进入全国前五名，数量列全国第6位。在2007年度至2009年度的全国第二批一级学科整体水平评估排名中，学校参评的所有基础学科均进入全国前五名。在学科国际排名方面，根据ESI（美国科学信息研究所“基本科学指标”数据库）对2000年至2010年数据的统计分析，中国科大有8个学科（数学、物理学、化学、地球科学、生物学、材料科学、工程科学、计算机科学）已进入国际前1%，在国内高校中位于前列。同时学校在在量子信息、单分子科学、纳米材料、极地环境等交叉学科前沿领域取得了一些重大原创性成果，在国际学术界产生了重要影响。
通过学科基地的重点建设，科大形成了龙头学科与支撑学科、传统学科与前沿学科、基础学科与应用学科并存、互长的良性学科生态环境，为进行高水平的研究生教育奠定了坚实的基础。