生物工程研究所的前身为医学微生物研究所，下设所办公室、基因室、免疫室、细菌室等四个部门，并设有病原生物学硕士学位授予点和病原分子生物学重点学科。现有在职科研人员16人，其中研究员3人，副高职称7人，省“151”人才4人，享受国务院特殊津贴专家1人。
研究所建立以来，先后承担了国家科技攻关项目，国家“863”项目、国家卫生部、国家人事部、省自然科学基金、省科技厅、省人事厅、省卫生厅及国际合作项目等各类科研项目近100项；获得省部级科技进步一等奖1项、二等奖9项，三等奖10余项；国家发明专利授权3项；享受国务院特殊津贴专家6人，浙江省有突出贡献的中青年专家1人，获全国卫生系统先进个人1人；培养硕士研究生12名，协助培养博士研究生2名。