药学院始建于1986年，前身为中药系，1999年更名为药学系，2006年更名为药学院。1986年设立中药学大专专业，1994年设立 中药学本科专业，2000年设立药物制剂专业，2001年设立药学专业，2003年设立食品科学与工程专业。2005年中药学学科被确定为 浙江省“重中之重”学科，2008年中药学专业被确定为浙江省重点专业，同年，中药学专业被确定为国家级第一类特色专业；2009 年药物制剂专业被确定为浙江省重点建设专业。经过多年的建设，药学院已经建成以中药学学科群为优势和特色，以药学和食品科 学与工程学科群为基础和支撑，具有一定国际影响、国内知名的教学研究型学院。
学院现设有中药、中药资源与鉴定、中药制剂与炮制、药理、药物化学、化学、食品科学与工程7个教研室和中药资源工程学实 验室、中药制剂实验室、中药体外代谢实验室、中药标准化实验室、中药材种质资源评价实验室、新型药物递送系统实验室等6个省 属高校实验室建设专项。具有中药学博士后科研工作流动站、中药学博士点，中药学、药理学、生药学和药剂学4硕士点。学院现有 教职员工81人，专任教师60人，其中正高职称16人，副高职称18人，博士生导师8人，具有硕士以上学位41人。拥有浙江省“新世 纪151人才工程”入选者13人，浙江省高校中青年学科带头人6人，浙江省省级教学名师2人。近年来，先后承担国家“863”重点专项，国家自然科学基金，教育部科学技术研究重点项目，国家中医药管理局重点项目，浙江省自然科学基金重大项目，浙江省科技厅重点项目等80多项科研项目；获得浙江省科技进步奖等奖项等近20余项；主编或参编教材著作近50部，发表学术论文500余篇。近年来学生获得的各类奖项157项，在省级以上学术刊物发表学术论文42篇，各专业学生就业率均在90%以上。