浙江中医药大学是全国首批具有硕士学位授予权的高校之一。1978年开始招收研究生，1998年取得博士学位授予权并成为开展同等学力申请硕士学位工作单位，2000年批准开展临床医学硕士专业学位工作，2003年获准设立中医学一级学科博士后科研流动站，2007年获批设立中药学一级学科博士后科研流动站。现已成为一所培养类型多样、层次全面、体系完善的省属高校。
学校拥有中医学、中药学2个一级学科博士学位授予权，中西医结合二级学科博士学位授予权；拥有中医学、中药学、中西医结合、临床医学、药学及护理学6个一级学科硕士学位授予权，生物化工二级学科硕士学位授予权。全校共有14个博士学位点，43个硕士学位点。现有博士研究生导师81名，硕士研究生导师393名；全日制在校研究生1526人，其中硕士生1384人，博士生142人。研究生社会实践活动受到中宣部等5部门联合表彰，研究生处荣获“全国学位与研究生教育管理工作先进集体”和“优秀博士后流动站”称号。