我校最早在1979年曾被批准为具有独立资格招收硕士研究生，但后来由于各种因素，于1980年停招。从上世纪80年代后期，我校开始与北京林业大学、南京林业大学和浙江大学等院校联合培养研究生，2004年国务院学位委员会再次批准我校独立招收研究生，目前我校在法学、文学、理学、工学、农学和管理学6大学科门类，森林培育、木材科学与技术、森林保护学、园林植物与观赏园艺、林业经济管理、林木遗传育种、生态学、森林经理学、土壤学、森林工程、林产化学加工工程、城市规划与设计(含：风景园林规划与设计)、设计艺术学、环境与资源保护法学和马克思主义中国化研究共15个学科专业招收研究生，在校研究生600余人。
2007年开始招收在职研究生，目前有农业推广硕士专业学位已招生两届。
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