2003年批准为硕士学位授权点，该学位点挂靠微生物学学科，该学科正从浙江省重点学科——生物化工中孕育而出。生物化工学科设有生物工程研究所、制药工程研究开发中心制药生物技术实验室、浙江省制药工程重点实验室制药生物技术方向、绿色化学国家重点实验室培育基地生物合成技术研究方向等教学科研机构。拥有一支有较高学术水平的学科队伍，其中有中国工程院院士1人，教授11人，副教授16人，浙江省“151人才工程”人员1人，浙江省高校中青年学科带头人2人，浙江省特聘教授“钱江学者”1人。
近年来，学科承担了国家自然科学基金、国家“九五”“十五”科技攻关重点项目、浙江省科技攻关重大项目、浙江省自然科学基金重大项目、杭州市科技攻关重大项目及重大科技开发校企合作项目等60多项，获得过国家科技进步二等奖、国家科技攻关优秀奖、省部级科技进步一等奖和二等奖等高级别奖项多项，发表学术论文200多篇，其中多篇发表在《Chemical Reviews》、《Biotechnology Progress》、《Biochemical Engineering Journal》等国际著名高级刊物上，并被SCI、EI收录。
微生物学科拥有一支由中青年学术带头人和学术骨干等14人组成的梯队。教授1人，副教授2人，博士5人。该学位点学术梯队结构合理，力量较强，经过20余年的努力，教学、科研均已有较好的基础。科研方向稳定，具有较好的实验条件。科研课题与经费逐步递增，先后承担了国家“863”“973”、国家攻关、国家基金、浙江省科委、浙江省自然科学基金等重大项目40余项；发表论文80余篇，其中SCI收录近20篇，取得了较丰富的成果。从93年开始参与本校相近专业联合招收培养10届硕士研究生，其中有省优毕业生、全国“挑战杯”二等奖获得者。
学位点负责人：裘娟萍教授