自动化学院的前身为1994年建立的机电工程学院自动化系，2000年6月经批准成立自动化学院。
经过三年努力，分院现已建有自动化、测控技术与仪器、电气工程与自动化三个本科专业；控制理论与控制工程、模式识别与智能系统、检测技术与自动化装置三个硕士点；以及一个重点学科、一个国家财政部资助重点实验室、一个浙江省财政厅资助重点实验室。学院现有教职工50余人，其中教授5人，副教授17人，博士10人，硕士18人；另有国内知名专家和工程院士任我院兼职教授4人。
自动化学院经过几年的办学实践，已基本形成良好的教学、科研体系，取得一批教学和科研成果。近三年来，建设有省级重点专业1个、院级重点专业1个；发表论文200余篇，出版教材和专著10余本；取得省级教学成果2项。在科学研究方面，学院近三年先后承担国家自然科学基金5项、国家863/973高科技项目3项、浙江省重点自然科学基金5项、浙江省重大科技计划项目3项、教育部和国防科工委等国家部委研究12项、为企事业单位解决科技攻关30余项。获得国家级奖励2项，省部级科技奖励和论文奖励23项，取得了良好的社会效益和经济效益。
近三年来，分院学生在“数学建模”、“电子设计竞赛”、和“大学生科研竞赛”等活动中多次取得优异成绩，毕业生和研究生受到社会的普遍欢迎。