该中心研究不同类型湖泊环境治理与受损生态系统恢复的原理、方法，培植湖泊环境保护产业发展中一系列具有自主知识产权的治理工艺与关键技术，实现水环境治理工程产业化，为我国湖泊富营养化、湖泊—流域水体修复与水质改善提供适合规模化应用的共性与关键技术，为湖泊环境治理的理论和技术提供成果转化平台，满足国家湖泊环境治理的紧迫需求，促进湖泊环保产业发展。
主要功能与任务：
国家湖泊环境工程技术创新与示范基地
国家及各级地方政府湖泊环境保护与治理的政策咨询中心
为湖泊水环境治理行业和相关领域的发展提供技术咨询与服务，为相关大型湖泊环境工程建设和引进技术、项目评估分析
国家湖泊环境治理与管理高层次技术人才培养基地
国家湖泊科学研究与湖泊环境工程技术研发的国际合作窗口
中心主要研究工作
在云南抚仙湖、贵州红枫湖等高原湖泊，江苏无锡五里湖、南京莫愁湖、广东惠州西湖等城市湖泊，太湖以及相关入湖河道开展了以生态修复和水质改善为目标的工程示范研究,取得了明显成效。
成功恢复的五里湖湖滨湿地
抚仙湖入湖河流污染控制湿地工程
特种花卉在净化苏州城市河道污染水体中在国内首次应用，效果显著