研究室主要研究湖泊生态系统结构与功能演变的基本规律及其在环境干扰下的灾变效应，湖泊生态修复与维持生态系统稳定的原理与技术和湖泊生态系统对全球变化的响应。
现有研究人员21人，其中研究员6人（含中国科学院“百人计划”入选者2人，973项目首席科学家1人），副研究员12人，博士后和在读研究生32人。
主要研究内容：
湖泊营养物质循环途径及其环境效应
湖泊富营养化过程与蓝藻水华发生机理
湖泊富营养化生态风险形成机理与生态修复途径
近5年来，围绕富营养化湖泊蓝藻水华发生机理及其灾变效应和受损湖泊污染治理与生态修复，主持了国家973项目、国家科技支撑项目课题、国家重大水专项湖泊主题项目以及国家自然科学基金项目等重要科研项目30余项；承担了地方政府的太湖蓝藻水华预测预警业务化运行和湖泛形成机理研究工作。
研究发展了蓝藻水华形成理论和水华预测技术体系，并实施业务化运行，为确保湖泊水源地供水安全提供了科学支撑；初步阐明了蓝藻水华生态灾害形成机理，揭示了蓝藻水华引起水环境变化对氮、磷迁移转换过程的规律。近5年来，发表论文214篇，其中SCI 论文65篇，包括Limnology and Oceanography等优秀期刊论文，主持获得江苏省科技进步二等奖1项，提交获国家领导人批示的重要咨询报告3份。