南京医科大学基础医学院成立于1994年5月，其前身为南京医学院基础医学部。学院现下设11个系、1个部、2个教研室、2个综合教学实验室及办公室等。
全院现有教职员工282人，其中教师202人，教授29人、副教授43人，博士生导师25人、硕士生导师23人，国家和省有突出贡献的中青年专家7人，享受政府特殊津贴10人，3人获全国优秀教师称号，9人为省333工程培养人选，8人获青蓝工程优秀学术带头人称号，7人获优秀青年骨干教师称号，2个学科获优秀学科梯队荣誉称号。拥有1个博士后流动站、1个一级学科博士点、10个二级学科博士点、15个硕士点，3个省级重点学科、1个省部共建实验室、4个省级重点实验室和工程研究中心，拥有一批国内先进水平的科研基地和实验技术平台。在2003年全国学位与研究生教育基础医学一级学科整体评估中，基础医学院排名全国第八，其中学术队伍排名第一，进入国内先进行列。
学院承担全校各学制、各专业、各层次、各形式的基础课和专业基础课的教学工作，开设了54门必修和选修课程，每年承担5万多学时的教学任务。现有在校博士研究生91人、硕士研究生186人、本科生2200人（含七年制临床专业学生）。围绕创建21世纪基础医学课程教学模式，培养高素质医学人才的教学目标，学院出版了许多高质量的高等学校本、专科教材、参考书及辅导教材。2003年学院设置了医学司法鉴定、临床病理、医学英语3个专业方向并进行招生。同时，学院还承担了接受国内外访问学者和培训进修学员的任务，并开设多种形式的继续教育项目。
学院注重生物医学领域的应用基础研究。近5年来，承担国家十五攻关、973、863、国家自然科学基金重点项目等国家及省、部级研究课题148项，受资助经费2280多万元，横向科研课题130多项，受资助经费700多万元；在国内外期刊上发表论文850多篇，其中SCI收录74篇；获省部级以上科技进步奖31项，其中一等奖2项，二等奖7项；获得全国优秀博士论文1人次；申报国家发明专利47项；转化科研成果10多项。
学院重视国际交流和合作，借鉴世界先进的医学研究成果和教学经验，不断提高整体办学水平。先后和美国、英国、德国、法国、奥地利、加拿大、日本、新加坡等国高等院校、科研院所建立了长期合作关系，提高了学院的社会声誉，为学院的长期发展创造了良好的外部环境。