南京医科大学第二临床医学院于2007年1月19日新设立在南京医科大学第二附属医院，坐落于南京挹江门明城封闭墙边美丽的小桃园湖畔，环境优美，与著名的阅江楼遥相守望。
学院与医院实行一体化管理，医院占地面积3.7万平方米，建筑面积8.2万平方米。医院分本部与东院，共有开放床位近1200张，是南京医科大学临床教学基地和江苏省首家全科医师培训基地。医院设有近40个临床科室，20余个医技科室，14个教研室。消化内科、儿科、内分泌科、妇产科、肾脏内科为江苏省级临床重点专科。消化内镜中心系全国消化内镜诊疗技术培训基地和南京医科大学内镜研究所所在地，为目前江苏省规模最大、开展项目最多、集检查与治疗为一体的内镜中心，学科带头人范志宁教授为中华医学会内镜外科分会副主委，江苏省突出贡献中青年专家、江苏省六大高峰人才，拥有国家专利四项。儿童医学中心由南京市卫生局挂牌为“南医大二附院儿童医院”，开放床位200张，下设儿内、儿外、新生儿、儿保等十余个专科，其中小儿肾脏病的研究和治疗处于国内领先地位，小儿内分泌科专业为全国委员单位，中心带头人甘卫华教授为江苏省“333”工程培养对象、江苏省六大高峰人才（A类）。肾脏内科为省级副主委单位，拥有管理先进的肾病透析中心，学术带头人杨俊伟教授为江苏省“科教兴卫工程”领军人才，多次获国家级科技进步奖。妇产科为卫生部妇科内镜诊疗技术培训基地，学科带头人应小燕教授率先在全省开展妇科微创手术及介入治疗的实践与研究，多次获医学新技术引进奖。神经内科、普外科、烧伤整形外科、骨科、放疗科、眼科、耳鼻咽喉科等均在省内享有较高声誉。
医院现有高级职称264人、中级职称517人；博士生导师4人，硕士生导师44人，教授10人，副教授37人，享受国务院政府特殊津贴专家8人。