数学系由原江苏理工大学数学教研室，原镇江师范专科学校数学系及原镇江医学院数学教研室合并组建而成。数学系现设有高等数学教研室，应用数学与信息科学教研室，基础数学教研室，数学教育教研室。
本系现有应用数学与系统工程两个硕士点，在校硕士生40余名。现有信息与计算科学，数学与应用数学，数学与应用数学（师范类）本科专业点，在校生500多名。
师资情况
本系现有教师73名，其中特聘院士1名，博士生导师1名，教授6名，副教授18名，硕士生导师7名。中青年教师中，博士9名。
教学工作
本系教师除承担数学系本科生、硕士生数学专业课外，还承担着全校本科生高等数学、线性代数、概率统计、复变函数与积分变换、场论等基础课程的教学，同时承担全校各专业的博士生、硕士生的数学公共课程的教学任务。
科学研究
数学系有一支实力很强的科研队伍，目前承担国家自然科学基金及省部级基金20多项，获江苏省科技进步奖一等奖、上海市科技进步二等奖等省部级奖励10项。近年来在国内外核心杂志上发表论文300多篇，出版专著10部，教材30多部。
学科建设
数学系正努力巩固与提高现有两个硕士点（应用数学，系统工程）的办学质量。
数学专业建设
数学系正努力巩固与提高三个本科点（信息与计算科学，数学与应用数学，数学与应用数学（师范类））的办学质量。
实验室建设
本系设有应用数学与系统工程实验室，2002年新添计算机40多台、套，其中包括一台图形科学计算工作站（Silicon graphics Octane 2 V8）、先进的服务器一台，并已组网。