指挥军官基础教育学院于2004年6月组建，主要由国防科学技术大学原工程兵学院、原学员旅与原人文与管理学院军事教育系合并而成。
学院承担全校军事基础理论教学与军事技能训练，全校“学历教育合训”学员管理和教育，军队基层管理、工程兵相关学科专业的初级指挥生长干部和研究生培养，以及相关领域科学研究任务。
学院机关设训练部、政治部、院务部；下设军事基础教育系、军队基层工作系、渡河指挥系、野战工程系，五个学员大队，一个教勤队。
学院现有教授、副教授70余人，讲师50余人。有博士6人，硕士60余人，有4人享受政府特殊津贴，1人被评为全国优秀教师，10人被评为全军优秀教师。