为促进创新人才培养，提高研究生培养质量，推动教育教学改革，充分发挥导师和研究生在学校自主创新中的重要作用，形成有利于激发研究生创新热情和创新实践的培养机制和资助机制，南京航空航天大学将于2008年实行“以科学研究为主导的导师负责制”的研究生培养机制改革。
新的培养机制将改革传统的计划体系，建立新的研究生培养资助体系。通过学校加大投入，我校新的培养资助体系将包括奖学金体系、基本助学金体系、特别奖学金和专项奖助学金体系、国家贷助学金体系、社会捐助奖助学体系、研究生“三助”(助教、助研、助管)体系、研究生创新计划资助体系。培养资助体系保证所有非带薪全日制研究生都享受基本助学金；保证符合资助条件的研究生可以通过多种方式获得资助，潜心研究生学业；保证研究生创新体系更完备、研究生平均所得有较大幅度提高。
通过研究生培养机制改革，一方面健全与强化导师负责制，明确导师责任，更好地发挥导师的主导作用，将人才培养与科学研究紧密结合起来；另一方面明确研究生自身的责任和义务，并通过有效的资助机制，保障研究生的切身利益和基本生活条件，为研究生营造一个良好的创新环境。