中药材科学系创建于1985年，主要从事本科生高等教育和研究生培养工作。下设的中药学专业（原药用植物专业）是我国部属高等农业院校中中药学方向唯一的一个新兴特色专业，是一个主要跨越农学和中药学两大学科的交叉学科，主要培养从事药用植物引种驯化、栽培育种及资源调查和持续开发利用的高级专业人才。2000年开始与相近学科合作招收硕士研究生，2003年经国务院学位办批准建立了我国目前农林高等院校中唯一的一个医学门类中药学硕士点。
中药材科学系现有教师10名，其中正、副教授6名，国家食品药品监督管理局GAP起草、认证专家1名。近年已主持承担国家自然科学基金项目“半夏遗传多样性及其药材质量控制途径的研究”、国家科技部“九五”国家重点科技项目（攻关）计划：“白菊花规范化栽培研究”和“明党参和水蛭规范化种（养）植研究”，及国家“十五”重大专项“中药材有害污染物限量技术标准研究”等部省级以上科技项目10多项，发表有关学术论文70多篇。
该系迄今已培养了210多名专科生和260多名本科生，已招收和培养了研究生15名。目前在校本科学生人数已达230多人。已毕业的学生分布全国各地，多数学生已成为中药生产或经营企业的业务或技术骨干，特别是在近年国家推行的中药现代化行动和中药材规范化（GAP）生产过程中，本专业毕业生大多已成为主要的技术中坚，深受广大用人单位的好评。