园艺学系是我国高等教育史上最早成立的园艺类科系之一，前身为原金陵大学和原中央大学的园艺科，始建于1921年，已有80余年的办学历史。创建以来，累计培养博士生和博士后60余人，硕士生近300人，本专科生4000余人，是我国为数不多的学科门类齐全、培养层次多样、科研优势特色鲜明的高级园艺人才培养基地和现代园艺科技创新与推广应用中心。
园艺学系目前有园艺和设施农业科学与工程两个本科专业，有园艺学一级学科博士点和博士后流动站，有果树、蔬菜、园林植物与观赏园艺、茶学等四个二级学科博士点和硕士点。
园艺学为国家“十五”“211”重点建设学科群，蔬菜学为国家和农业部重点学科，果树学、园林植物与观赏园艺两个学科为校级重点学科。园艺专业为江苏省特色专业和南京农业大学品牌专业。
园艺系设有园艺教学实验中心，包括园艺作物栽培生理、园艺作物遗传育种和园艺作物生物技术三个教学实验室和一个大型仪器综合实验室。有江浦园艺教学科研试验站一个和校外教学科研基地二十余个。上述教学科研基地为园艺人才培养和科学研究奠定了基础。
园艺系师资队伍强大，教学科研力量雄厚。目前全系拥有教职工45名，其中教学科研人员40名，实验及辅助教学人员5名。教师中，教授10名，副教授18名；有博士生导师7名，硕士生导师20名；31人已获得博士学位或正在攻读博士学位，占教师总数的70%。
二十世纪八十年代以来，园艺系获省部级以上奖励30余项，其中国家科技进步二等奖两项。近五年承担各级科技项目140余项，其中包括国家863项目8项，国家自然科学基金项目15项，博士点基金项目4项；获省部级以上奖励10项，授权发明专利12项，发表论文180余篇，出版教材、专著20余部。
现任系主任吴震教授，副系主任陶建敏副教授、房伟民副教授。