食品科技学院渊源于1921年成立的东南大学农产制造门和1927年创办的中央大学农产制造系、食品工业系，1952年食品工业系与浙江大学农化系、江南大学食品系合并到南京工学院，保留的部分师资并入南京农学院农学系和园艺系。1985年学校在全国农业院校中率先成立了食品科学系，1996年成立了食品科技学院。
学院现下设食品科学与工程、生物工程、食品质量与安全3个系，2个院级教学实验中心（包括8个基础实验室和3个食品加工中试工厂），食品科学与工程、生物工程和食品质量与安全3个本科专业。拥有博士学位食品科学与工程一级学科授予权，1个博士后流动站（食品科学与工程），1个国家重点（培育）学科，1个江苏省重点学科（食品科学），2个校级重点学科（食品科学、发酵工程），6个博士点，5个硕士点；拥有1个农业部重点开放实验室（农畜产品加工与质量控制），1个教育部重点开放实验室（肉品加工与质量控制），1个江苏省工程技术中心（肉品加工工程技术中心），7个校级研究室。学院现有教职工52名，其中教授14人，副教授13人，博士生导师13人，硕士生导师18人，具有博士、硕士学位的教职工占90%以上，2002年被评为江苏省高校“青蓝工程”省级优秀学科梯队。目前在校本科生730多人，研究生200余人。目前学院承担国家自然科学资金、国家“863”、国家“十一五”支撑项目、部省级课题及横向课题研究80多项；荣获国家和部省级科技进步奖10多项，获国家专利20多项，在国际学术刊物上发表论文200余篇（其中100余篇被SCI、EI等收录和引用），国内学术刊物上发表论文1000余篇，出版专著10余部，教材20余部。国家一级学会----中国畜产品加工研究会挂靠在本院。学院注重科研成果的开发与转化，先后在江苏、福建、安徽、北京、甘肃、江西等地取得了显著的社会效益和经济效益。
学院注重拓展海内外科技合作关系，曾多次承办大型学术会议，接待美国、日本、加拿大、荷兰、澳大利亚等前来讲学的专家教授60多人次，派出国外进修、访问、攻读学位的教师50余人次。除学校所设的各类奖学金外，一批在食品界有影响的公司也在学院设立了雨润、东方生工、益生园、唐人神、丰岛、金象等奖学金和奖教金。