南方地区高效灌排与农业水土环境教育部重点实验室依托河海大学建设，2009年获教育部批准。河海大学长期以来坚持开展农业水资源高效利用及其对农业生态环境影响的教学和科学研究，并已形成了实力雄厚的师资队伍和一流的科研条件与水平。南方地区高效灌排与农业水土环境教育部重点实验室将紧密结合我国南方地区生态农业发展的需要，深入开展“南方地区农业水资源高效利用基础理论”、“高效灌排对南方农业水土环境的影响及调控”、“农业水土环境监测、维护与修复”三个方向的科学研究，并注重学科交叉、原始创新与高新技术应用，着力解决南方地区新农村建设和农业现代化过程中面临的节水农业和生态农业中的科学问题，为实现南方地区农村经济社会可持续发展、保证粮食和生态环境安全提供技术支撑。实验室建设周期为两年，学校将投入建设经费1600万元。