该系是我国高校中最早创办的同类系科之一。目前设有管理科学与工程。一级学科博士点及博士后流动站。管理科学与工程硕士点和信息管理与信息系统。电子商务两个本科专业。建有东南大学工业工程研究所。经济决策与信息管理研究所。系主任为达庆利教授。
该系在管理信息系统。现代管理定量分析技术方面具有突出优势。先后承担了北京第一机床厂次CISM工程等一大批重点项目和科研任务。先后获得国家科技进步二等奖。机电部科技进步特等奖。省科技进步一等奖等奖项。发表了一批高水平的学术论文和专著。其培养学生的质量和学科综合实力。在国内高校和同行有较高声誉。