经济与工商管理系共有税务、国际商务、审计学三个本科专业；其中税务专业是国家教育部特色专业；2012年获批“国家特需人才培养项目”-税务硕士专业学位教育点，这也是上海海关学院的首个硕士点。
经济与工商管理系设有税务教研室、海关商品归类教研室、国际商务教研室和审计教研室。
经济与工商管理系共有教职工28人，其中教授3人、副教授8人，讲师14；博士8人，硕士17人（含在读博士5人）、本科3人（在读硕士1人）。