音乐学（musicology）是采用科学方法对中外音乐艺术和各种音乐文化现象进行系统研究的一门艺术理论学科，内容主要涉及：音乐的历史发展及演变，音乐的社会功能及文化意义，音乐的审美机制和美学规律，音乐作品的解析和批评，音乐语言的构成及运作，音乐的传播与接受等方面。其分支学科在国内目前包括：中国音乐史，西方音乐史，中国传统音乐理论，音乐分析学，音乐美学，民族音乐学（音乐人类学），音乐社会学，音乐批评，音乐心理学，音乐教育学，音乐声学等。
上海音乐学院自1927年创立，是国内历史最悠久、影响最大的高等音乐学府。近80年来（特别是1949年以来）为我国乃至世界乐坛培养了大批优秀人才，并为中国现代意义上的音乐教学体系、音乐理论体系的形成和发展做出了突出贡献。本院音乐学系于1982年正式建立，由此掀开了本院音乐学学科教学发展与科研进步的新篇章。
从历史上溯源，本院的音乐理论学科从1927年建院伊始便开始奠基，以萧友梅博士、黄自先生为代表的前辈理论家、作曲家奠定了上海音乐学院重视基础理论、善于融会中西的优良学风。1949年，本院便成立了中国最早的音乐理论研究基地音乐研究室。1956年，本院成立民族音乐系，下设理论专业。与此同时，作曲系改称理论作曲系，招收理论专业学生，进一步加强理论学科的建设。在这些举措的推动下，上海音乐学院音乐理论学科的人才培养和学术进步取得了世人瞩目的成就。1979年，音乐研究室开始招收音乐学方向的硕士研究生。1980年，本院音乐研究所在原音乐研究室的基础上正式成立，使我院音乐学的学科发展在改革开放的新形势下注入了新的活力。音乐学系创立后，坚持以扎实的教学为基础，以高质量的科研为先导，成绩卓著，对全国乃至世界的音乐学发展产生了积极影响。几十年来，我院的音乐学理论事业立足我国本土的民族民间音乐资源，同时积极汲取外来的优秀学术养料，在音乐研究和理论教学的各个领域中均取得了有目共睹的成就，涌现出了沈知白先生、钱仁康先生这样德高望重、学贯中西的大师级学者。改革开放以来，以夏野先生、谭冰若先生为代表的老一代著名教授为音乐学系的发展和开拓做出了卓越的贡献，陈应时教授的研究成果产生了世界性的广泛影响，江明惇教授、刘国杰教授、李民雄教授、陈聆群教授、沈旋教授、黄白教授、钱亦平教授、黄允箴教授等均被公认是各自专业领域中的权威专家。
近年来，音乐学系不断拓展教学方向和研究范围，形成了涵盖五年制本科生、三年制硕士研究生、三至六年制博士研究生，以及留学生、进修生等多专业、多层次的完备教学体系。
在本科教学方面，除论文写作、中国音乐史、西方音乐史、中国传统音乐理论作为专业主干课程和公共基础课程之外；还开设有一批专业基础课程，包括：音乐学导论，音乐概论，中西音乐美学思想史论，民族音乐学，民族音乐学音乐描写与分析，东方音乐，世界音乐，古琴音乐，文献研读与研习，钢琴，视唱练耳，音乐学分析基础综合课程（和声、复调、曲式、配器），大型曲式分析，音乐学分析方法与综合实践；另外还开设有若干选修课程，例如：当代中国音乐，流行音乐，音乐审美心理学，音乐批评学，音乐社会学，音乐文献学，等等。
与研究生教学相关的音乐学专业研究方向，主要通过三个研究生培养指导委员会执行，分别有：中国音乐史论（含中国古代音乐史、乐律学、中国近现代音乐史、中国传统音乐理论、东方音乐研究各研究方向），外国音乐史论（含西方音乐史、外国作曲家与作品研究、作品分析、钢琴艺术理论、和声风格分析、音乐文献编译各研究方向），系统音乐学理论（含音乐美学、音乐批评、音乐人类学、民族音乐学、少数民族音乐研究、乐器学各研究方向）。
除此之外，还承担艺术学博士后流动站音乐学专业的科研合作。学科领域覆盖面之广在国内音乐院校的音乐学系中首屈一指。整体水平在全国音乐学界处于领先地位，部分学科处在国际先进地位。毕业生遍布全国各音乐和艺术院所、大学、媒体和出版社，很多人已经成为音乐事业发展的骨干人才。
作为国家级重点学科建设单位，音乐学系师资力量雄厚，科研成果累累，多次获得国家、教育部、文化部和上海市的多项教学与科研奖项。目前，我系骨干教师承担了国家级、部级、市级和院级等各类科研课题数十项，并在全院教学改革中发挥着领军作用。随着已在海内外先后获得博士学位的中青年学人，如杨燕迪、洛秦、赵维平、孙国忠、陶辛、韩锺恩、萧梅、陈鸿铎等骨干教师的不断成熟，音乐学系的人才梯队状况已呈优化态势，保证了我系的传统优势学科（如中国音乐史、西方音乐史、中国传统音乐理论、音乐分析）和新兴学科（音乐美学、音乐人类学、东方音乐、歌剧研究、流行音乐等）在国内处于领先地位。
我系重视对外学术交流，近十多年间，陆续邀请来自世界各地的几十名著名音乐学者进行专题讲学与讨论，活跃了学术气氛并开阔了视野。与此同时，一些骨干教师获得了来自英国、荷兰、日本、德国、美国和港澳台方面的邀请和资助，分别在这些国家和地区进行讲学、合作研究和学术考察。此外，改革开放以来，我系接受和培养了来自美、英、日、法、德、意、荷、韩、新加坡以及香港、台湾等国家与地区的多名留学生（包含大学本科、硕士研究生、博士研究生各个层次），在弘扬和传播祖国优秀音乐遗产的同时，也促进了海内外的文化交流。
随着学院改革的深入发展，音乐学系进一步明确自身的定位：以本科教学为基础，以研究生教学为重点，凸显研究、教学型系科地位。在继续保持中国古代音乐史、中国近现代音乐史、西方音乐史、中国传统音乐理论、音乐作品分析等传统优势的前提下，恢复振兴音乐美学、东方音乐研究等学科优势，并提出拓展民族音乐学、音乐人类学、世界音乐、流行音乐研究、音乐剧研究、音乐心理学、音乐社会学，音乐批评等新兴学科的目标。以形成体系完整、中西平衡、理论思辨与实证分析互补的学科布局。
以此为前提，具体要求学生在本科生阶段，达到基础知识全面与局部细节清晰；在硕士研究生阶段，达到深度理念严谨与整体布局自如；在博士研究生阶段，达到原创意识充分与结构有效自足；进一步在博士后科研阶段，实现产学研合体。作为音乐学学科建设的未来生力军，在学院体制下成就以下专业能力：敏锐的声音感受能力，合式的意义诠释能力，确定的风格判断能力，纯熟的理论表述能力。也就是必须具备：基于音响层面的感性体验，基于技术层面的作品分析，基于事实层面的历史叙事，基于逻辑层面的理论陈述，基于语言层面的文法修辞，以及五者共有的可以不断创新的方法论问题。而作为更高的要求，则是基于意义层面的带有先验性的元问题追问。
由此设定培养不同学历层级学生的目标：在基础教学中重视基本知识的传授和实际能力的培养；充分重视学生对音乐（作品）的分析能力，坚持立足音乐本体基础之上的理论建树；积极引导学生不断强化艺术审美感官，不断深化理论历史视点，不断拓展学术理念智慧，不断提升创新思想境界；在全面促进音乐学学科建设的前提下，合理规划学科自身的知识基础、理论能力、思想精神。
音乐学系历任系主任：
钱仁康教授：1982－1984，
谭冰若教授：1984－1992，
沈 旋教授：1992－1995，
钱亦平教授：1995－2001，
杨燕迪教授：2001－2004，
韩锺恩教授：2004－至今。
音乐学系管理人员现况：
系主任：韩锺恩，
党支部书记兼副系主任：袁祖华，
副系主任：赵维平，
系秘书：张玉妹，
学生辅导员：孟莉。
现有专职教师16人，返聘与兼职教师15人，外聘教师4人。50岁以下教师全部具有研究生学历。15人获得博士学位，8人获得硕士学位，1人在读博士学位。教授24人，副教授6人，讲师2人。
学科带头人5人，学科梯队成员2人，青年骨干教师3人。博士研究生导师21人，硕士研究生导师7人。博士、教授、博士研究生导师比重，在全校名列首位。
现有6个教研室，组成人员如下：
1.中国音乐史教研室：戴微（室主任，副教授，博士），赵维平（教授，博士）。
2.西方音乐史教研室：梁晴（室主任，副教授，博士），孙国忠（教授，博士），金毅妮（讲师，博士），甘芳萌（硕士，博士研究生）。
3.中国传统音乐理论教研室：郭树荟（室主任，副教授，硕士），黄允箴（教授，硕士），王璨（副教授），张玄（硕士）。
4.音乐分析教研室：陈鸿铎（室主任，教授，博士），钱亦平（教授，硕士），王丹丹（讲师，博士），邹彦（博士）。
5.音乐美学教研组：韩锺恩（兼室主任，教授，博士）。
6.民族音乐学教研组：萧梅（兼室主任，教授，博士）。
相关专业的博士研究生导师：陈应时教授（中国古代音乐史，乐律学），洛秦教授（中国古代音乐史，音乐人类学），赵维平教授（中国古代音乐史，东方音乐研究），陈聆群教授（中国近现代音乐史），江明惇教授（中国传统音乐理论），黄白教授（中国传统音乐理论），黄允箴教授（中国传统音乐理论），乔建中研究员（外聘）（中国传统音乐理论），沈旋教授（西方音乐史），杨燕迪教授（西方音乐史，音乐美学），陶辛教授（西方音乐史），孙国忠教授（西方音乐史），钱亦平教授（外国作曲家与作品研究），陈鸿铎教授（外国作曲家与作品研究），赵晓生教授（钢琴艺术理论），周薇教授（钢琴艺术理论），韩锺恩教授（音乐美学），于润洋教授（外聘）（音乐美学），赵宋光教授（外聘）（音乐美学），萧梅教授（音乐人类学），曹本冶教授（外聘）（音乐人类学）。
相关专业的硕士研究生导师：王璨副教授（中国传统音乐理论），郭树荟副教授（中国传统音乐理论），孙维权教授（和声风格分析），应有勤副研究员（民族音乐学，乐器学），汤亚汀译审（音乐文献编译），姜丹副译审（音乐文献编译）。