第二军医大学2014年面向军队和地方招收医学、理学、法学、教育学、文学、工学、管理学和军事学等八个学科门类的硕士研究生，预计招收228名硕士研究生，其中地方入伍硕士研究生33名左右（含女生8名左右，其中推免生15名；国防生11名）。军队招生计划及专业以总部下达的通知为准并接收地方高校优秀应届本科生推荐免试攻读硕士学位研究生。
第二军医大学招收的硕士研究生分学术学位和专业学位两种，学术学位硕士研究生，以培养从事基础理论或应用基础理论研究人员为目标，侧重于学术理论水平和实验研究能力的培养，学生毕业时授予相应学科门类的学术型学位。