2006年6月，经学校批准成立药物科学系，现任系主任为邓卫平教授。本系主要负责药学本科专业的教学及开展“从基因到药物”的创新药物研究。本系师资力量强大，主要为海外引进人才及共建单位的知名学者，现有教授13名（含校特聘教授5名、校讲座教授2名），副教授5名。学科分布涉及生物物理化学、药物设计、药物化学、药物筛选、药理学、化学生物学等。现正承担国家自然科学基金、上海市浦江人才计划、上海市科委重点基础研究等科研项目。