上海交通大学现拥有22个一级学科博士点、143个二级学科博士点、26个博士后流动站，232个硕士点，60余个本科专业，覆盖全部十二个学科门类。在2002—2004年教育部进行的全国一级学科评估中，学校有6个一级学科排在全国前三名。学校现有9个一级学科国家重点学科和11个二级学科国家重点学科，一级学科国家重点学科数居全国高校第5位，国家重点学科点数达到49个。基本形成了以一流的理科为基础，以强大的工科、生命医学学科和经济管理学科为主干，以具有鲜明特色的法学、农学和人文学科为支撑，交叉学科崛起的良好学科布局。
一级学科国家重点学科（共9个）：
力学
机械工程
材料科学与工程
动力工程及工程热物理
控制科学与工程
计算机科学与技术
船舶与海洋工程
生物医学工程
管理科学与工程
二级学科国家重点学科（共11个）：
凝聚态物理
光学
遗传学
生物化学与分子生物学
电磁场与微波技术
通信与信息系统
病理学与病理生理学
内科学
儿科学
外科学
口腔临床医学
国家重点实验室（共7个）：
微米/纳米加工技术国家级重点实验室
海洋工程国家重点实验室
机械系统与振动国家重点实验室
金属基复合材料国家重点实验室
区域光纤通信网与新型光通信系统国家重点实验室
癌基因及相关基因国家重点实验室
医学基因组学国家重点实验室
国家工程研究中心（共5个）：
数字电视国家工程研究中心
组织工程国家工程研究中心
纳米技术应用国家工程研究中心
轻合金精密成型国家工程研究中心
模具CAD国家工程研究中心