同济大学计算机科学与技术工程系成立于一九八七年九月,其前身源于我校电气工程系的计算机教研室。
随着全国教育体制改革的不断发展，一九九六年九月原上海城市建设学院和原上海建材学院并入同济大学，与之相应的城建学院计算机教研室，建材学院机电系的计算机教研室，计算中心同时并入我系。
2000年5月，国家决定同济大学与上海铁道大学合并，同年九月，原铁道大学计算机科学与技术系与原同济大学计算机科学与技术系合并，成立了新的同济大学计算机科学与技术系。
我系是全国开设计算机专业较早的单位之一。一九七八年开始招本科生，一九九二年起招收专科生，一九九六年开始招收职教班。截止2003年9月，已累计毕业本、专科生二千四百余人。目前在校本科生约二千人，近十名外国留学生，硕士研究生约四百名，博士研究生约四十名。
本着“面向社会，按需培养”的办学方针，我系原设“计算机科学与技术”、“计算机应用（职教师资）”两个本科专业和“计算机应用与维护”一个专科专业，现调整为“计算机科学与技术”和“信息安全”二个本科专业。其它两个专业已停止招生。
在研究生教育方面，我系有三个博士点（计算机应用技术、软件理论、模式识别与智能系统），四个硕士点，一个工程硕士点。
经过两年的发展。我系已拥有一支力量雄厚的师资队伍。全系共有教职工110人，其中教授21人，副教授29人，博士生导师17人，硕士生导师33人，具有博士学位以上的青年教师12人。
我系具有一支实力较强、水平较高的科研队伍，在人工智能、办公自动化、并行处理、专家系统、工程CAD、计算机网络、信息管理与决策系统、计算机监控系统等领域，在国内颇有特色的优势，预备大型项目的咨询、研究和开发的能力。先后承担过包括国家“863”高科技项目、国家“七五”和“八五”科技攻关项目、国家自然科学基金重大项目在内的近百项科研项目的开发，并有二十余项成果获省部级以上科技进步奖。所开发的很多大型软件已被国家多个部委在所属系统推广使用，取得了良好的社会效益和经济效益。
我系拥有完备的软硬件试验条件，除配有IBM RS/6000、IBM Netfinity5500等高端服务器外，还拥有各类高档微机200多台，各类硬件实验装置也一应俱全。特别是由教育部投资近100万元建立的计算机标准软件实验室已于1999年10月正式投入使用，该实验室建成后是目前国内高校中居领先水平的计算机软件示范实验。