针灸研究所成立于1989年，扩建于2004年，并于2010年正式并入黑龙江中医药大学中医药研究院。针灸研究所是学校的研究机构；是黑龙江省内针灸推拿基础研究中心；是针灸推拿、研究人才的培养基地；是国内校际间针灸推拿基础实验、研究合作的平台。
在针灸文献及信息研究和睡眠障碍研究工作的基础上开展针刺促进神经损伤再生修复、针刺防治脑脊髓神经病、针灸预适应机理研究工作。其研究基地 “针灸临床神经生物学实验室” 为省科技及高校重点实验室;“中风病针灸防治研究室”通过国家局审定。研究所承担着国家重点学科针灸学科、省科技厅、中医管理局的针灸基础科学研究工作，同时担负培养高层次针灸人才博士、硕士研究生科研工作。针灸研究所是针灸学术对外交流的重要窗口，其研究工作居国内领先水平。