哈尔滨医科大学是国务院学位委员会首批批准的具有博士、硕士、学士三级学位授予权的单位之一。自1978年我国恢复研究生招生制度和1981年实施学位制度以来，我校学位与研究生教育取得了令人瞩目的发展。学校确立了“以学科建设为根本，以本科教育为基础，积极发展研究生教育和长学制医学教育，适应国家及区域医药卫生事业发展和经济建设的需要，成为培养创新型医学人才、产出高水平科研成果和提供高质量医疗服务的重要基地，努力把学校建设成为国内一流、国际有影响的教学研究型医科大学。”的办学指导思想，在工作中解放思想、实事求是、抓住机遇、深化改革，使教学、医疗、科研整体水平和综合实力呈现出奋发向上的态势。
学校现有博士、硕士学位授权一级学科点4个（基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、生物学），二级学科博士点41个、硕士点49个，涵盖理学、医学、管理学、工学四个学科门类。在校研究生2676人（其中博士生584人、硕士生2092人）。2005年研究生招生规模达1074人，其中博士生203人、硕士生871人。
78年至今共招收研究生6053人（其中博士生1144人、硕士生4909人），授予博士学位535人、硕士学位2778人。
学校有中国工程院院士1人，国务院学位委员会学科评议组成员3人，全国医学专业学位教育指导委员会委员2人，博士生导师193人，硕士生导师508人，为培养高质量的研究生奠定了扎实的基础。
学校先后开展了在职人员以研究生毕业同等学力申请硕士学位、临床医学博士、硕士专业学位、口腔医学硕士专业学位、公共卫生硕士专业学位、高等学校教师在职攻读硕士学位、从港、澳、台人士中招收硕士生及与拉筹伯大学合作举办卫生管理研究生班等，形成了多形式、多渠道培养研究生的新格局。
二十多年来，在上级领导的大力支持和学校党委的正确领导下，在学校各部门的支持配合下，经过全体研究生指导教师和从事研究生管理工作人员的辛勤努力，我校学位与研究生教育工作取得了巨大的成绩，研究生招生规模不断扩大，学位点数量尤其是博士学位授权点不断增加，研究生培养质量不断提高，学位与研究生教育管理日益规范化、科学化，我校已经成为高层次医学专门人才的培养基地之一。研究生学院2000年被黑龙江省教育委员会评为“黑龙江省学位与研究生教育管理工作先进集体”， 2002年被黑龙江省教育厅评为“黑龙江省高等教育招生工作先进集体”，2004年获教育部“全国高等教育电子注册管理工作先进集体”。