石油工程学院（原石油开发系）创建于1961年，并同时招收钻井工程、采油工程本科生。国际著名学者、国内石油界元老已故周世尧教授首任系主任。近40年的发展历程中，石油工程系在周世尧教授、胡靖邦教授以及陈家琅、黄匡道教授、王德民院士等一大批著名学者、专家的带领下，全院教职工忠诚党的教育事业，形成了良好的教风和学风，为国家培养了一批又一批适应石油工业和地方经济建设需要的高级技术人才。在教学、科研、学科建设等方面取得了丰硕成果，是中国石油天然气总公司重点建设学科单位。
石油工程学院现有石油与天然气一级学科并设有博士学位授权点3个，硕士学位授权点3个，本科专业2个。现设有石油钻井工程、油气田开发工程、油气储运工程、流体力学、渗流物理5个教研室和一个石油工程实验中心，一个提高采油收率研究所，一个油气藏改造与试井评价部级重点研究室。全院有教职工82人，其中教授16人，副教授25人，讲师33人。在教师队伍中有20人获得博士学位，有49人获得硕士学位。近十年来，全院教师结合专业教学、科研工作，在SPE、石油学报等刊物上发表文章500多篇，在石油出版社，黑龙江科技出版社等出版社出版著作25多部，参加国际会议20多人次并宣读论文25篇。
石油工程学院根据二十一世纪石油工业的发展需要深入开展在教学改革和科学研究工作，在高含期油田开采特殊技术、三次采油、多相管流及特殊工艺井钻井等方面形成专业特色。