工程学院是黑龙江八一农垦大学历史最悠久的学院之一。1958年建校之初工程学院开设了农业机械化专业，在此基础上，经过46年的发展建设，已经具备培养工学硕士、学士及本科和高职专科等多层次人才的能力。目前，学院设有农业机械化工程和机械设计及理论两个硕士学科；农业机械化及其自动化、机械设计制造及其自动化、土木工程、建筑环境与设备工程、交通运输5个本科专业，农业机械化、汽车运用与维修、工程监理、建筑工程技术、机械制造与工艺、数控加工技术、机电一体化等高职专业。其中农业机械化工程为省级重点学科，农业机械化及其自动化为省级重点专业。目前在校生人数达1381人。
工程学院拥有雄厚的师资力量，在62名教师中，教授10名、副教授21名、博士后1人、博士6名、硕士29名。绝大部分教师在40岁以下，目前已形成了一支理论基础扎实、教学经验丰富、生机勃勃的师资队伍。
工程学院具有完善的教学和试验条件，建有农业机械化及其自动化、机械设计制造及其自动化、土木工程、建筑环境与设备工程、交通运输、工程基础实验室及工程训练中心，仪器设备的价值超过千万元。主要仪器设备有先进的计算机多媒体网络、数控激光加工机床、综合液压试验台、农机电器试验台、烘干实验台、各种农业机械等。
在科研方面，先后承担过2项国家级、10余项省部级、30余项总局、地市级的科研课题和项目，并获得了农业部科技进步三等奖1项，黑龙江省科技进步三等奖4项，农垦总局科技进步奖10余项。其中的一些科研成果已经转化为实际生产力，取得了良好的经济效益和社会效益。科学研究的范围涉及农业机械工程、交通运输、土木工程、机械设计与制造等各个领域，有些内容已达到国际先进水平。在国际、国家及省学术刊物发表了100多学术论文，其中有多篇高水平的论文被EI收录。