军事体育部的前身是基础部体育教研室，1986年1月从基础部分离出来，成为学校直属教研室，1994年更名为军事体育部，属学校教学单位之一。军事体育部担负着全校研究生、本科生的公共体育课教学，课外体育活动、运动训练及各种比赛，《大学生体质健康标准》的测试与统计，大学生国防教育及新生的军训等工作。
多年来，在体育教学实践中，军事体育部不断深化教学改革，探究新的教学方法、教学理念，取得了一定的成绩，在学校课程体系中占有重要的地位，为培养德、智、体全面发展的人才发挥了积极的作用。近年来，军事体育部教师完成厅（局）级以上科研课题23项，获厅（局）级科技成果奖7项，编写全国高等农林院校“十一五”规划教材及体育理论教材12部,在省级以上刊物发表论文80余篇，曾多次在黑龙江省高校、中国学校体育科学大会、中国体育科学大会论文评选中获一、二、三等奖。
目前，军事体育部承担着全校近15000名本专科、研究生的体育教学工作。截至2010年年底，体育课所开设的课程有篮球、排球、足球、武术、跆拳道、滑冰、网球、乒乓球、羽毛球、健美操、轮滑、定向越野、艺术体操、游泳和体育保健等十五个项目，学生可根据自己的兴趣和爱好进行选项。
军事体育部现有教职工34人，其中专职书记1人，教辅人员3人；30名教师中有教授4人，副教授7人，讲师18人；具有高级职称教师占教师总数的40%；讲师18人占教师总数的60%；中共党员22人，硕士研究生18人，各类国家级裁判16人。教师分别毕业于沈阳体院、武汉体院、天津体院、陕西师大、东北师大、吉林大学、成都体院及省内其它体育院校。