佳木斯大学研究生教育始于1980年，1986年经国务院学位委员会批准成为第三批硕士学位授权单位，2000年获在职人员申请硕士学位授予权和临床医学硕士专业学位授予权，2009年获高等学校教师在职攻读硕士学位授予权和口腔医学硕士专业学位授予权。研究生教育一直作为我校的强校之路，学校努力强化学科特色，完善学位点布局，深化研究生教育教学改革，加大研究生创新培养力度，经过30年的建设和发展，我校的学位与研究生教育规模不断扩大，培养质量不断提升。目前已有博士后科研工作站1个、硕士学位授权一级学科2个、二级学科34个，涵盖了法学、文学、理学、工学、医学五个学科门类，拥有科学学位和专业学位2个培养类型，形成了培养类型较为齐全的研究生培养体系。目前年招生数近400人，全日制在校硕士研究生1117人，留学研究生17人，截至2010年，招收硕士研究生总数达3023人。学校自2000年开始规划申博工作，于2003年和2005年分别进行了博士学位授予单位立项申报，2009年，省政府和国务院学位办正式确立我校为博士立项建设单位。
学校坚持以学科建设为龙头，开展“学科建设年”活动，“十一五”期间，学校强化了对8个省级重点学科的建设指导和评估检查工作；全面建设了校、院两级重点学科，确定了30个校级重点学科和36个院级重点学科；按照“资源共享、注重应用、突出重点、适度超前”的原则，实施了“双十”学科建设计划，形成了我校层次清晰的学科建设格局，学科综合优势进一步彰显，为研究生教育发展提供了必要的支撑和保障。
为实现学位与研究生教育事业由外延发展向内涵发展战略转变，学校实施研究生教育质量工程，强化研究生培养的过程管理，确立了研究生课程准入制度和淘汰制度、研究生中期考核制度和学位论文盲评制度，研究生培养质量稳步提高；完善了研究生培养方案，重新构建了包括206门课程的专业学位研究生和科学学位研究生的课程体系，使之更加适合研究生的发展和社会的需要；加强了与国外大学的科研合作与学术交流，联合培养硕士研究生，自1996年与日本高知大学建立校际友好关系以来，已选派十四批60余名在校优秀研究生赴日留学。
研究生导师队伍建设是研究生质量的基石，坚持“可上可下、动态管理”的原则，严格导师的遴选和评聘制度，健全了对研究生授课教师和硕士研究生导师的监督和管理机制，构建了研究生课程评价体系，引入导师学术育人机制，开展优秀研究生导师评选，逐步形成竞争、开放、有序的导师队伍优化机制。目前我校有共享院士5人，省级教学名师3人，省属高校新世纪人才3人，兼职博士生导师13人，硕士研究生导师373人，其中省级优秀研究生导师7人，校级优秀研究生导师6人。初步建立了一支年龄、学历、学缘结构较为合理的导师队伍。
创新精神和创新能力是研究生质量的生命线。研究生处（学院）采取有效措施加强了对研究生创新能力的培养，加大投入，实施研究生创新课程建设计划、研究生导师提高计划；设立研究生创新基金，把新技术、新理论含量较高的课程纳入研究生课程体系中，培养和激发研究生的创新思维；积极举办研究生学术论坛，支持和鼓励研究生参加国内外高级别的学术会议。2005年以来，已获得省级研究生创新培养示范基地4个，获得省级研究生创新课程立项3项，在校研究生申请省级研究生创新基金项目累计已达84项。定期举办研究生学术论坛，组织研究生参加各类学术会议150多人次，极大地激发了研究生的学术研究热情，截至2009年，已有近百篇学术论文在国内外学术期刊发表，获得省级优秀硕士论文3篇。
思想政治教育和研究生日常管理是研究生教育工作的另一条主线。在研究生管理工作中，我们充分发挥研究生党支部、研究生会的作用，积极开展“五争当”活动，全面提升了研究生思想道德素质。完善了以“奖、贷、助、补”为主体的助学体系，充分发挥研究生在助研、助教、助管等方面的作用；加强研究生会的自身建设，充分发挥媒体的宣传作用，定期出版《佳大研究生报》；定期邀请校内外专家来校举办学术讲座，学术沙龙，广泛开展社会实践活动，通过“红色之旅”、“情系三江，服务三江”、“感受自然，珍爱生命”、“访寻烈士遗迹”等实践活动，开拓了研究生社会实践的广度和深度，为研究生提供了走出校园，融入社会的机会。
研究生处（学院）注重对研究生的就业指导工作，定期举办就业知识专题讲座，对毕业研究生进行就业咨询活动，通过多渠道联系用人单位，及时发布就业信息，已有近300家医院、高校、公司企业和其他事业单位与我校建立了就业合作关系，近5年来的毕业研究生平均就业率为83%。30年来，我校为社会培养输送了近2000名“学得好，下得去，用得上，留得住”的优秀硕士毕业生，其中200余人考入国内知名院校攻读博士学位，还有一大批毕业生在其各自领域卓有成就，为经济社会发展做出了较大贡献。