国家乳业工程技术研究中心是1996年由国家科委批准组建的专业技术研究机构，1999年8月通过国家科技部组织的验收，以黑龙江省乳品工业技术开发中心为技术依托单位建立起国内乳品行业唯一一家国家级工程技术研究中心。
国家乳业工程技术研究中心现拥有国家乳制品质量监督检验中心、全国乳品标准化中心、全国乳品工业信息中心三个国家级中心；黑龙江省乳品设计研究院、黑龙江省乳品工业研究所、黑龙江乳品设备成套安装工程公司、黑龙江省乳品工业培训中心等四个省级科研建设单位；国际乳品联合会（IDF）中国国家委员会秘书处也设在此。2005年2月，黑龙江省乳品工业技术开发中心划归东北农业大学管理。
国家乳业工程技术研究中心为了更好地发挥国家乳业工程技术研究中心行业科技龙头作用，努力提高科研与学术水平，加快我国乳品行业赶超世界先进的步伐，经东北农业大学研究决定成立国家乳业工程技术研究中心乳品研究院，斥资配套一流的实验设备与中试条件，广纳高级技术人才，搭造国际先进的乳品工程技术研究平台与人才培养基地。