“乳品科学教育部重点实验室”在建设期间，本着边建设，边研究，边开放的原则，针对国家近10年乳业增长迅猛的现实，以及制约乳业快速发展的瓶颈科技问题，长远发展的科技需求，在已有工作的基础上，结合专家的论证意见，实验室在建设期间，重点在泌乳生物学与乳腺健康、原料乳的生产技术、乳品微生物、乳品安全与检测技术方向开展研究。特别是在国家、省部级奶业专项的大力资助下，实验室在科学研究方面取得进步。
共承担国家、省部级各类科研课题49项，可支配经费2653万元，其中国拨科研课题经费1595万元，占总经费的60％，包括“十五”国家奶业重大专项3项，国家星火计划，国家“863”计划，国家西部计划，国家自然科学基金等。在两年建设期间，共申请国家发明专利9项，获得授权发明专利3项；获教育部提名国家科学技术进步二等奖1项； 发表科技论文85篇，其中SCI收录3篇；转让科技成果4项，出版乳品科学专著共6部。