中国教育在线研究生招生报名查询系统显示哈尔滨工程大学2013研究生报名容量为5000人，哈尔滨市报考哈尔滨工程大学【招生简章 专业目录 】（包括“少数民族高层次骨干人才计划”）的考生；所有报考该校工商管理硕士（MBA）公共管理硕士（MPA）、“单独考试”和“强军计划”的考生；哈尔滨市报考中国航空研究院627研究所和哈尔滨船舶锅炉涡轮机研究所的考生。