体育教学部自1958年长春中医学院成立后，隶属教务处、基础教学部下设的体育教研室。2006年，长春中医学院更名为长春中医药大学的同时成立体育教学部，是学校直属的二级教学单位。负责全校体育教学、群体活动、运动训练和竞赛等学校体育工作。体育教学部现有教师21人。其中教授2人，副教授7人，讲师5人，助教7人。发表论文152篇，科研5项。国际级裁判1人，国家级裁判2人，一级裁判5人，二级裁判11人。
学校体育教学开设普通体育课和专项体育课，并结合中医药院校的特点，突出了传统保健体育课特色教学。
学校运动场地总面积为47765 平方米，生均面积为6.83 平方米。体育教学设施、器材、仪器齐全，可以满足教学、训练、群体活动和《学生体质健康标准》测试的需要。积极开展群体活动和专项竞赛、《学生体质健康标准》合格率为98%，我校学生体育代表队在省、市及全国中医药院校大学生各项比赛中都取得了优异的成绩。