软件学院成立于 2002 年，2004 年与原计算机科学系合并为计算机学院，2006年与计算机学院分离，恢复为独立设置的一级教学单位。现有软件工程一个本科专业，计算机软件与理论、教育技术学两个学科有硕士学位授予权，与校内其他单位联合培养教育技术学博士研究生，与英国迪蒙福特大学联合培养计算机软件博士研究生。学院设有软件工程、多媒体与网络、数据库技术、人工智能等四个教研室，软件工程、知识工程与数字化学习、人工智能与模式识别、信息安全与网络技术四个研究室。
2006年，经国家教育部批准，学院与东师理想信息技术研究院共同建立教育部数字化学习支撑技术工程研究中心；经国家人事部批准，又共同设立了计算机软件博士后科研工作站；同年设立吉林省教育软件重点实验室。