2009年吉林大学计划招收硕士研究生5000人左右，包括推荐免试、单独考试、强军计划、援藏计划、援疆计划、少数民族高层次骨干人才计划等。
由于国家相关政策的调整，2009年吉大将实行研究生培养机制改革，当年入学新生不再分计划内、计划外。对考入的全日制研究生实行新的学费收取办法和奖助体系，并完善研究生奖助体系，通过奖学金、助学金、各种创新与扶持基金等途径以及实行动态评定和导师参与评定等机制，提高对研究生的奖助覆盖面和奖助制度。