植物病理学学科是吉林大学植物科学学院的重要学科。1989年创建于中国人民解放军农牧大学时期，1996年被国家批准为硕士学位授权点；2006得到教育部批准成为植物学二级学科博士授权点（有害生物综合治理方向），同时参与生物学博士后流动站建设；2006年被吉林省列为“ 十一五”期间部属高等学校省级重点学科。现有博士生导师 3人（兼职1人），硕士生导师3人。
本学科以东北地区重要农作物病害为主要研究对象，形成特色鲜明且优势互补的三个研究方向，分别是有害生物综合治理、分子植物病理学及抗病基因工程和寄主与病原物互作的分子机理研究。
近5年来，承担国家资助的课题6项，国际合作项目1项，中港合作项目1项，省部级和校企联合等项目10余项；在国际期刊和国内核心期刊上发表学术论文30多篇，其中SCI收录5篇，出版专著和教材5部。