中国科学院沈阳应用生态研究所(前身中国科学院林业土壤研究所，1987年更改为现名)成立于1954年，是以林业、土壤、植物、微生物与环境科学为基础的综合性的应用生态学研究机构。现有职工358人，其中科技人员245人，85%以上具有博士、硕士学位。
该所瞄准国家重大需求和国际学科前沿，以应用生态学为主攻学科，以实验生态学方法和现代生物技术、信息技术为主要手段，以陆地主要生态系统为研究对象，重点开展生态系统生态过程与格局、退化生态系统恢复与重建、生态系统调控与管理等方面的研究，丰富和发展应用生态学理论与技术体系，为保障区域生态安全和可持续发展，实现人与自然的和谐提供科学基础、决策依据和关键技术，在国家应用生态学科技创新体系中发挥引领作用。
近期主要围绕森林生态与林业生态工程、土壤生态与农业生态工程、污染生态与环境生态工程三大重点学科领域，从事森林生态系统格局与过程、森林植被恢复与环境效应、农田生态系统物质循环与调控、微生物资源与生物技术、污染生态过程与生态毒理、土壤环境与生态修复6个方向的研究工作。
研究所下设中国科学院陆地生态过程重点实验室、中国科学院污染生态与环境工程重点实验室、辽宁省陆地生态过程与生态安全重点实验室、辽宁省节水农业重点实验室、辽宁省生态公益林管理重点实验室、辽宁省植物资源保护利用重点实验室、土壤环境与农产品安全重点实验室；拥有中国科学院长白山森林生态系统定位研究站（国家野外观测站、院开放站、CERN重点站），中国科学院沈阳生态实验站（国家野外观测站、院开放站、CERN重点站），中国科学院会同森林生态实验站（国家野外观测站、CERN重点站），中国科学院乌兰敖都荒漠化实验站（国家林业局荒漠化监测中心之一），清原森林生态实验站，大青沟生态研究站，中国科学院沈阳生态植物园和东北生物标本馆与东亚苔藓研究中心。研究所编辑出版《应用生态学报》和《生态学杂志》两个国家核心刊物。
本所为1981年国务院学位委员会首批批准的博士学位点。现有生态学、土壤学、微生物学、环境科学四个博士学位点和生态学、微生物学、植物学、环境科学、土壤学、森林培育学六个硕士学位点。现有在读研究生283人，其中博士生135人、硕士生148人。设有生物学和农业资源利用2个一级学科博士后流动站，包括生态学、微生物学、土壤学3个专业站点。现有在站博士后25人。
研究所建有集教学、生活、娱乐为一体的研究生综合楼。研究生招生全部为公费生。