沈阳药科大学工商管理学院始建于1981年8月20日，其前身为沈阳药科大学制药系医药企业管理教研室。从事的主要教学工作是医药企业管理干部专修班教育和短期培训工作。从20世纪80年代初开始先后招收三期干部专修班，学制二年。同时承担学校药学类专业有关管理方面的教学任务。1987年成立企业管理系，同年开始招收企业管理专业全日制本科生，年招生人数30人，同时，继续承担学校药学类专业学生的管理类课程的教学任务。1995年10月6日正式组建工商管理学院，是学校成立最早的二级分院。学院的建立标志着工商管理学院的发展进入了一个新的阶段。
经过多年的建设发展，学院的办学规模不断扩大，办学层次和质量不断提高。本科生教育由建系初期的一个专业发展到四个专业，即工商管理、市场营销、国际经济与贸易和药事管理专业。学院所设的四个本科专业均为我国医药经济和医药管理所急需的热门专业，是集药学、经济学与管理学为一体的具有鲜明特色的应用型专业。
学院从1994年开始招收药事管理硕士研究生（挂靠药剂学科）。2001年正式设立全国第一个企业管理硕士点，同年开始招收企业管理硕士研究生。2004年又增设了药事管理硕士点，并于2005年开始招生。于2000年设立了当时全国唯一一个药学一级学科下的药事管理方向博士点并开始招生，我院培养出了国内第一个药事管理学方向的博士研究生。2004年经国务院学位办批准，药事管理学科成为自主备案的二级学科。
目前，学院已经形成了完整的药事管理学本、硕、博层次的教育体系。许多医药企事业单位的管理人员来我院攻读硕士、博士学位。药事管理学研究生课程进修班也在蓬勃发展，我院先后在北京、哈尔滨、大连、西安、深圳、蚌埠等地开办多个药事管理学研究生课程进修班，已有近百位学员获得了药事管理学硕士学位，近40人获得了药事管理博士学位。学院现有在校生1100余人，其中，在读博士研究生30余人、硕士研究生近100人、本科生近1000人。
多年来，学院非常重视对现有师资的培养和提高，有20%的教师被选送到国内外名牌大学进修学习。教师从事教学和科研的能力和水平普遍提升。目前，学院现有教职员工35人。其中，有博士学位的14人，在读博士6人，有硕士学位的11人，硕士以上学位教师占教师总数的97%。现有教授4人，兼职教授6人，副教授13人。博士生研究生导师10人，硕士生研究生导师19人。
学院现设有工商管理、市场营销、国际经济与贸易和管理信息四个教研室。2008年，投资100余万元建设了国内第一个中央与地方共建高校优势特色学科实验室--药事管理综合模拟实验室。该实验室的建设为药事管理学科教学方式的转变和教学质量的提高发挥了重要作用。
今天的学院学科积淀更加厚重，教学科研能力不断增强。近三年来，学院教师刻苦努力、潜心钻研，先后承担国家及省、市级研究课题40余项，在各类学术期刊或学术会议上发表论文300余篇，出版专著和教材近50余部。“药事管理与法规”和“医药电子商务”已经发展成为省级精品课，医药工商管理本科专业成为省级示范性专业，医药市场营销本科专业成为省级特色专业，学院的学科建设水平不断上新的台阶。
近30年来，学院为社会输送了大批有一定理论水平和实践能力的人才。已从工商管理学院毕业的本科学生2000多名，硕士研究生200多名，博士研究生近40名。他们在医药各个领域都发挥着重要作用。
经过几代人近三十年的艰苦创业和勤奋耕耘，学院的综合实力不断增强。目前学院正根据学校的总体发展规划，以学科建设为主线，以教学改革为核心，以人才培养为根本任务，改革创新，扎实工作，为把学院建设成为具有鲜明特色和竞争实力的、居国内同类学科前列的开放型、教学科研型学院而奋斗。