2007年沈阳药科大学计划招收硕士研究生550名。对于英语类考生，沈阳药科大学只要求有国家教育部颁发的本科毕业证；但对日语类考生，学校要求考生的英语过四级，成绩超过425分。
沈阳药科大学的药剂学科是国家级重点学科，药物化学、药物分析学科为省级重点学科。2006年沈阳药科大学的研究生招生中，药事管理专业相对报名人数少，没有招满学生，而药剂和药物化学专业属于竞争相对激烈的专业。沈阳大学过去几年的公费生比例大多在40％左右，2007年的情况还要看国家的政策。
沈阳药科大学研究生招生的所有专业不收色盲、色弱、化学试剂过敏、嗅觉功能障碍及乙肝表面抗原阳性者。
同等学力考生在报考沈阳药科大学时除了要参加统一规定的本学科考试外，在复试中还需在无机化学、有机化学、分析化学、生物化学、物理化学、生理学、生药学、药用植物学八门本科主干课程中选取两门进行加试，且加试科目不得与考生初试科目和复试科目相同。