我校从1978年开始培养硕士研究生，是全国第2批获得硕士学位授予权的高等院校。 经过28年的发展，现有1个联合培养博士点，2个一级硕士学位授予权学科、32个二级硕士学位授予权学科；耳鼻咽喉科学、口腔医学、人体解剖与组织胚胎学3个学科先后被评为“辽宁省重点学科和重点扶植学科”;“1个辽宁省重点实验室（分子细胞生物学与新药开发实验室）。 现有博士研究生导师5人，硕士研究生导师225人，在校全日制研究生866人。
1983年生物化学与分子生物学专业获得硕士学位授予权；
1986年生理学、药理学专业获得硕士学位授予权；
1990年人体解剖学和耳鼻咽喉科学专业获得硕士学位授予权；
1995年口腔临床医学和组织胚胎学获得硕士学位授予权；
1997年内科学（心血管病）获得硕士学位授予权；
1999年获权利开展在职人员以研究生毕业南等学力申请硕士学位工作；
2000年内科学、外科学、病理学与病理生理学、生药学获得硕士学位授予权；
2003年免疫学、眼科学、妇产科学、神经病学获得硕士学位授予权；
2003年经教育部批准与中国医科大学联合培养人体解剖和组织胚胎学专业博士生；
2003年成为临床医学专业学位硕士授予权单位；
2005年基础医学和药学被批准为硕士学位授权一级学科点；
2005年护理学、临床检验诊断学、肿瘤学、中西医结合临床、流行病与卫生统计学、 食品科学、马克思主义基本原理、思想政治教育等学科获得硕士学位授予权；
我院培养的研究生基础理论扎实，外语和计算机能力较强，注重理论联系实际，有较强的适应社会变化能力和不断创新的能力，因此受到用人单位的普遍好评，毕业的研究生除留做本校的师资以外，目前还工作在卫生部、北京医科大学、南京医科大学、中国医科大学等高校以及北京、上海、沈阳等地的医院或外资企业，并已成为那里的业务骨干，还有一些人正在国外继续深造或攻读博士学位。